繼續教育學院是福建衛生職業技術學院開展學歷提升與教育培訓的職能部門，原隸屬學院教務處。2013年，學校機構調整，將成人函授教育管理從教務處獨立，設立成人教育中心；2016年，成人教育中心更名為繼續教育中心，設立函授科和培訓科；2020年11月，繼續教育中心更名繼續教育學院；2022年5月，增設學籍管理科和技能鑒定科；作為學校主動服務區域經濟發展，開展高等學歷繼續教育和教育培訓服務的主要部門。
學校高等學歷繼續教育起步早，自20世紀80年代開始，與中國藥科大學合作成立中國藥科大學成人教育福建函授站，開展藥學專升本、中藥學專升本、藥學專科成人高等教育工作。2001年，經省衛生廳、省教育廳備案，學校創建北京中醫藥大學遠程教育學院福建衛生職業技術學院學習中心，面向我省社會各界招收護理、中藥學專業本專科學生。2008年，學校開辦護理、醫學檢驗技術高職函授專業；2009年，增設臨床醫學、助產、醫學影像專業；2014年增設中藥學函授專業。2014年，學校與福建醫科大學和福建中醫藥大學聯辦專科與本科銜接自學考試助學班，招收護理、藥學、中藥學專業學生。2016年，與福建中醫藥大學聯合招收護理專升本函授。2017年，經福建省教育廳備案，學校在福建閩北衛生學校設立成人高等教育校外教學點。
學校主動服務區域經濟社會發展，開展教育培訓服務。牽頭成立福建省基層衛生技術人員培訓集團（常務理事單位37個，理事單位100個）, 設有福建省基層衛生技術人員培訓基地、鄉鎮衛生技術人員培訓中心和鄉村醫生培訓中心，獲批福建省公務員培訓基地、福建省農民工“求學圓夢行動”項目培養高校和培養基地、福建省繼續教育示范教學站點培育項目單位、福建省社區示范教育基地、全國護考試題開發基地、福建省醫療護理員培訓中心、福建省藥師協會執業藥師繼續教育面授施教機構、福州市長期護理保險評估機構、全國營養指導能力提升備案機構、福建省人力資源和社會保障廳“揭榜掛帥”培訓單位。面向基層開展鄉村醫生規范培訓、醫藥衛生技術人員培訓等項目；面向企業職工和社區開展護理急救、健康養生等技術培訓，年培訓約3萬人次。2017年校本部被評為福建省教育廳繼續教育示范教學點。2018年學校被教育廳評為“社區教育示范基地”，獲得全國“優秀成人繼續教育院校（培訓學校）”。2020年，學校老年項目獲福建省高校老年大學建設項目。2022年中國藥科大學福建衛生職業技術學院函授站獲“高校繼續教育優秀校外教學點（函授站）”
福建衛生職業技術學院職業技能鑒定站始建于2002年11月,是福建省人力資源和社會保障廳批準的省級職業技能鑒定站。站長由學校校長兼任，副站長由分管教學的學校副校長兼任。鑒定站具有良好的工種培訓與鑒定條件，有一支穩定的高素質教師隊伍和管理人員隊伍。目前開設有育嬰員、養老護理員、保健按摩師、美容師、芳香保健師、醫藥商品購銷員、老年人能力評估師、保育師、社群健康助理員、電工、醫療護理員(護工)、孤殘兒童護理員、健身教練等工種的鑒定考核及“1+X證書”制度試點工作。2019年獲批福建省衛生健康行業職業技能鑒定站；2021年獲批福建省職業技能等級認定機構；2022年獲批全國計算機等級考試考點。獲國家職業教育1+X證書《失智老年人照護》職業技能等級證書培訓考核工作“2022年度試點工作示范院校”榮譽稱號。2023年入圍重點產業項目“揭榜掛帥”培訓單位，其中育嬰員工種入圍嬰幼兒照護人才培訓項目；養老護理員、健康管理師工種入圍康養服務人才培訓項目。榮獲第一批福建省職業技能等級統一認定報名示范點單位。2023年，入選中國健康管理協會營養指導能力提升備案培訓機構。2024年，入選福州市新職業工種和未就業重點群體職業技能培訓機構。2025年，學校獲批健康照護師職業技能等級認定資質，入選福州市閩侯地區唯一一個“一縣一品”勞務品牌單位。
30多年來，福建衛生職業技術學院繼續教育學院依托學校良好辦學條件和雄厚的師資力量，堅持“為行業培養人才，為社會健康服務”的辦學宗旨，大力開展成人高等教育、自學考試、繼續教育培訓、職業技能培訓鑒定等，形成了多學科、多層次、多形式的辦學格局。